1975년 전남 신안 앞바다에서 고기잡이를 하던 어부의 그물에 옛 자기 몇 점이 걸렸던 것이 우리나라 수중문화재 발굴조사의 시초였다.1976년부터 약 9년에 걸쳐 문화재청과 해군의 공동 작업으로 이루어진 신안 수중문화재 발굴조사에 의해 중국 무역선 1척, 동전 28톤, 도자기 2만 2천여 점의 문화재가 빛을 보았다.

국립해양문화재연구소에 의하여 최근까지 이루어진 전북 군산 옥도면 십이동파도, 전남 신안 안좌도, 충남 태안 근흥 대섬 및 근흥 마도 수중문화재 발굴조사에서도 고선박 및 엄청난 양의 수중문화재가 세상에 그 모습을 드러내어 수중문화재를 탐사,인양할 수중지표조사 전문기관의 추가 설립이 요구되고 있다.

수중문화재 발굴조사는 지중의 토지,건조물에 포장된 매장문화재의 발굴조사 환경·전문인력·장비와는 달라 수온이 10℃ 이하인 경우 잠수 작업이 불가능하다. 수중문화재 발굴은 직접 잠수할 수 있는 발굴조사 전문인력과 수중탐사선 등 지중 매장문화재 발굴조사와 전혀 다른 전문인력 및 탐사,인양 장비가 필요하다.

공해 및 배타적 경제수역의 수중에 분포되어 있는 수중문화재의 발굴조사는 인접국과의 수중문화재에 대한 관할권 분쟁을 야기할 수 있고 이를 해결하기 위해 2001년 7월 유네스코 31차 총회는 수중문화유산보호협약을 채택했다. 문화재청은 수중문화유산보호협약에 부합하는 해양문화재보호법을 제정해야 한다.